Après avoir reçu une formation d’organiste auprès d’André Isoir, Emmanuel Ducreux a suivi au Conservatoire national supérieur de musique et de Danse de Lyon les cursus d’écriture, d’analyse et de composition, sous la direction de Raffi Ourgandjian.
Comme compositeur, il est particulièrement préoccupé par la problématique du rapport entre musiques écrites et musiques improvisées.
Après avoir dirigé plusieurs écoles de musiques, il a enseigné l’analyse des musique des xxe et xxie siècles au Conservatoire national supérieur de musique et de danse de Lyon, où il fut également responsable du département de culture musicale.
Ses publications portent notamment sur la musique de l’École de Vienne et sur le courant spectral.